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分子モデリングの文脈における力場(りきば、)は、粒子の系(通常分子および原子)のポテンシャルエネルギーを記述するために用いられる関数の式および媒介変数を意味する。力場関数および媒介変数(パラメータ)セットは、実験ならびに高レベルの量子力学計算に由来する。「全原子」力場は水素を含む系の全ての種類の原子のパラメータを提供するが、「融合原子 (united-atom)」力場は、メチルおよびメチレン基中の水素および炭素原子を単一の相互作用中心として扱う。タンパク質の長時間シミュレーションに頻繁に使用される「粗い (corse-grained)」力場は、計算の効率性を上げるためにより粗い表現を用いる。 化学および計算生物学における「力場」という用語の用法は、物理学における標準的な用法とは異なっている。化学では、ポテンシャルエネルギー関数の系であり、物理学で定義されるはの勾配である。 ==関数形式== 力場の基本関数形式は、共有結合で結ばれた原子と関係する結合項ならびに長距離静電力およびファンデルワールス力て描写される非結合項を含んでいる。これらの項の具体的な分解は力場に依存するが、加法的な力場における全エネルギーに対する一般的な形式はと書くことができる。共有結合および非共有結合の寄与は以下の総和で与えられる。 結合および角度項は通常、結合の開裂を許さない調和振動子でモデル化される。より高い伸縮状態にある共有結合のより現実的な描写はより高級なで与えられる。その他の結合項の関数形式はそれぞれ大きく異なっている。適正二面角項は通常含まれる。さらに、芳香環およびその他の共役系の平面性を強調するための「不適切なねじれ」項や、角度や結合長といった異なる内部変数の相互作用を記述する「交差項」も加えられる。一部の力場は水素結合のための明示的な項を含んでいる。 原子当たりより多く含まれる非結合性相互作用は、最も計算的にコストが大きい。人気のある選択は対エネルギーに相互作用を制限することである。ファンデルワールス項は通常レナード=ジョーンズ・ポテンシャルを用いて、静電項はクーロンの法則を用いて計算されるが、分極率を考慮に入れたり、実験的観察とよく一致させるために定数因子によって両方の項は減らしたり増やしたりされる。 抄文引用元・出典: フリー百科事典『 ウィキペディア(Wikipedia)』 ■ウィキペディアで「力場 (化学)」の詳細全文を読む スポンサード リンク
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